Lamarck nhấn mạnh luận điểm chính trong công trình sinh học của ông. Thứ nhất là môi trường tạo ra sự thay đổi của động vật. Ông đã trích dẫn ví dụ về mù ở chuột chũi, sự hiện diện của răng ở động vật có vú và sự vắng mặt của răng ở chim như là bằng chứng của nguyên tắc này. Nguyên tắc thứ hai là cuộc sống được cấu trúc theo trật tự và nhiều phần khác nhau của tất cả các cơ thể làm cho chúng có thể chuyển động hữu cơ.

Mặc dù ông không phải là nhà tư tưởng đầu tiên ủng hộ tiến hóa hữu cơ, ông là người đầu tiên phát triển một lý thuyết tiến hóa mạch lạc thực sự. Ông vạch ra các lý thuyết về tiến hóa đầu tiên trong bài giảng Floreal của ông năm 1800, và sau đó trong ba tác phẩm được công bố sau này:

- Recherches sur l'organisation des corps vivants (Nghiên cứu về tổ chức các cơ thể sống), 1802.

- Philosophie Zoologique (Triết học Động vật), 1809.

- Histoire naturelle des animaux sans vertèbres (Lịch sử tự nhiên của động vật không có xương sống), (trong bảy tập, 1815-22).

Lamarck đã sử dụng một số cơ chế như động lực của tiến hóa, rút ​​ra từ những kiến ​​thức phổ biến về thời đại của ông với niềm tin của ông về hóa học trước Lavoisier. Ông đã sử dụng những cơ chế này để giải thích hai động lực mà ông thấy như là sự tiến hóa; một lực đẩy động vật từ các dạng đơn giản đến phức tạp, và một động lực giúp thích ứng động vật với môi trường địa phương của chúng và phân biệt chúng với nhau. Ông tin rằng các lực này phải được giải thích như là một kết quả tất yếu của các nguyên tắc cơ bản của vật lý, ủng hộ một thái độ "duy vật" đối với sinh học.

Le pouvoir de la vie: Động lực phức tạp

Lamarck đã đề cập đến một khuynh hướng làm cho các sinh vật trở nên phức tạp hơn, di chuyển trên "bậc thang tiến bộ". Ông đã đề cập đến hiện tượng này như "la force qui tend sans cesse à composer l'organisation" (Lực lượng thường xuyên có xu hướng thiết lập trật tự). Lamarck tin tưởng vào sự phát triển tự phát đang diễn ra của các sinh vật đơn giản thông qua hành động vật lý bằng một lực lượng vật chất.

Lamarck chống lại các quan niệm hóa học hiện đại được thúc đẩy bởi Lavoisier (những ý tưởng mà ông khinh thị), thích chấp nhận một cái nhìn giả kim truyền thống của các yếu tố căn bản là Thổ (Earth), Khí (Air), Hỏa (Fire) và Thủy (Water). Ông khẳng định rằng, một khi sinh vật sống hình thành, sự chuyển động của chất lỏng trong sinh vật sống tự nhiên thúc đẩy chúng phát triển đến mức phức tạp hơn bao giờ hết.

Sự chuyển động nhanh chóng của các dịch sẽ làm khắc nên kênh rạch giữa các mô mềm. Chẳng bao lâu, dòng chảy của chúng sẽ bắt đầu thay đổi, dẫn đến sự phát triển của các cơ quan riêng biệt. Các chất lỏng, bây giờ đã tinh vi hơn, sẽ trở nên phức tạp hơn, tạo ra nhiều chất tiết và chất rắn tạo thành các cơ quan. - Histoire naturelle des animaux sans vertèbres, 1815 -

Ông lập luận rằng các sinh vật đi từ đơn giản đến phức tạp một cách chắc chắn và có thể dự đoán được dựa trên các nguyên lý cơ bản của thuật giả kim. Theo quan điểm này, các sinh vật đơn giản không bao giờ biến mất vì chúng liên tục được tạo ra bởi thế hệ "tự phát" trong điều được mô tả là "sinh học trạng thái ổn định". Lamarck đã thấy thế hệ tự phát đang diễn ra, với những sinh vật đơn giản do đó tạo ra được chuyển đổi theo thời gian trở nên phức tạp hơn. Đôi khi ông được coi là tin tưởng vào tiến trình mục đích luận (cho rằng mọi sự vật sẽ hướng đến mục tiêu nào đó), nơi các sinh vật trở nên hoàn hảo hơn khi tiến hóa, mặc dù vậy, với góc nhìn từ một nhà duy vật, ông nhấn mạnh rằng các lực này phải bắt nguồn từ các nguyên lý vật lý cơ bản. Theo nhà cổ sinh vật học Henry Fairfield Osborn, "Lamarck đã bác bỏ hoàn toàn sự tồn tại của bất kỳ" xu hướng hoàn thiện "nào trong tự nhiên và coi sự tiến hóa là kết quả cuối cùng cần thiết của các trạng thái xung quanh về sự sống." Charles Coulston Gillispie, một nhà khoa học, đã viết "sự sống là một hiện tượng thuần túy thể chất ở Lamarck", và lập luận rằng quan điểm của Lamarck không nên nhầm lẫn với trường phái "duy sinh" (vitalism).

L'effect des circonstances: Động lực thích nghi

Phần thứ hai của lý thuyết tiến hóa của Lamarck là sự thích nghi của các sinh vật với môi trường của chúng. Điều này có thể đưa sinh vật lên bậc thang vào các hình dạng mới và phân biệt chúng với sự thích nghi của môi trường địa phương. Nó cũng có thể đẩy các sinh vật vào những ngõ cụt tiến hóa, nơi các sinh vật trở nên thích nghi đến mức không có sự thay đổi nào khác có thể xảy ra. Lamarck lập luận rằng lực thích nghi này được kích hoạt bởi sự tương tác của các sinh vật với môi trường của chúng, bằng cách sử dụng và không sử dụng các đặc điểm nhất định.

Quy tắc số 1: Trong mỗi con vật không vượt quá giới hạn phát triển của nó, việc sử dụng bất kỳ cơ quan nào cũng thường xuyên được củng cố, phát triển và mở rộng và tạo ra sức mạnh, là tỷ lệ thuận với khoảng thời gian nó được sử dụng; Trong khi việc sử dụng vĩnh viễn bất cứ cơ quan nào làm suy yếu và làm suy yếu nó, và từ từ làm giảm khả năng hoạt động, cho đến khi nó biến mất.

Luật đầu tiên này nói được không có gì nhiều ngoại trừ "sự phóng đại kiến thức phổ thông về niềm tin rằng tập thể dục phát triển cơ quan"[10]

Quy tắc số 2: Tất cả các đặc tính thừa kế hoặc mất đi do thiên nhiên gây ra đối với từng cá thể, thông qua ảnh hưởng của môi trường mà loài đó đã được đặt vào, và do đó, dưới ảnh hưởng của việc sử dụng nhiều hoặc sử dụng vĩnh viễn bất kỳ cơ quan nào; tất cả những điều này được bảo tồn bằng cách sinh sản và truyền lại cho những cá thể mới phát sinh, với điều kiện những đặc tính thừa kế lại là phổ biến đối với cả hai giới tính, hoặc ít nhất là cho những cá thể sinh ra còn trẻ.

Mệnh đề cuối cùng của luật này giới thiệu cái gọi là "thừa kế mềm", thừa kế tất cả đặc tính thu được, hay đơn giản là học thuyết Lamarck, mặc dù nó chỉ là một phần của suy niệm của Lamarck. "Định luật thứ hai đã được chấp nhận rộng rãi vào thời điểm đó.. [nhưng] di truyền học hiện đại đã dứt khoát từ chối nó." [10]

Tuy nhiên, trong lĩnh vực biểu sinh (di truyền ngoại gen), ngày càng có nhiều bằng chứng cho thấy 'thừa kế mềm' đóng một vai trò trong sự thay đổi của một số vật kiểu hình: ví dụ rời khỏi vật liệu di truyền (DNA) không thay đổi gì (do đó không vi phạm khái niệm trung tâm của sinh học) nhưng ngăn cản sự biểu hiện của gen, chẳng hạn như bằng methyl hóa để sửa đổi sao chép DNA; điều này có thể được tạo ra bởi những thay đổi trong hành vi và môi trường. Nhiều thay đổi biểu sinh là di truyền ở một mức độ. Do đó, mặc dù bản thân DNA không bị thay đổi trực tiếp bởi môi trường và hành vi ngoại trừ việc lựa chọn, mối quan hệ của kiểu gen với kiểu hình có thể thay đổi, thậm chí qua nhiều thế hệ, bằng kinh nghiệm trong suốt cuộc đời của một cá nhân. Điều này đã dẫn đến các kêu gọi khẩn thiết đến sinh học để xem xét lại quá trình Lamarck trong tiến hóa dưới ánh sáng của tiến bộ hiện đại trong sinh học phân tử .